L'intensification des activités humaines litorales et maritimes accentue les menaces encourues par les cétacés de Méditerranée.
Le trafic maritime intense et en croissance en Méditerranée engendre un risque élevé de collisions entre les navires, notamment cargos et ferries et les cétacés. Les collisions, souvent mortelles, représentent la première cause de mortalité non naturelle chez les grands cétacés en Méditerranée (Di-Meglio et al., 2007-2009). Des traces de collisions entre petites embarcations et petits cétacés sont également observées sur des dauphins morts, lors des échouages et vivants.
Les activités de pêche représentent également une menace pour les cétacés losuq'elles ciblent notamment les même proies que les cétacés. L'amenuisement des ressources causée par la surpêche aurait favorisé le déclin du dauphin commun en Méditerranée, en plus des prises accidentelles dans les filets maillants (Giovanni Bearzi et al., 2003). Les captures accidentelles dans les engins de pêche, ainsi que les enchevêtrements dans les filets de pêche perdus en mer peuvent entraîner des blessures voire la mort par asphyxie des animaux. On estime qu'un filet fantôme peut encore pêcher plusieurs années après sa perte (Tatsuro Matsuoka et al., 2005).
Les cétacés en haut de la chaîne alimentaire sont particulièrement impactés par les polluants chimiques déversés dans la mer par les activités terrestres et maritimes et qui s'accumulent tout au long de la chaîne alimentaire. Les PCBs et dérivés du DTT, produits interdits depuis des décennies sont encore présent dans le gras des cétacés, affectant leur capacité de résistance aux maladies ou leur fertilité (Tapie N. et al., 2012). La pollution plastique est également une menace importante. A limpact mécanique provoqué par l'ingestion ou l'enchevêtrement, s'ajoute la contamination chimique par leurs composés (comme les phtalates) qui se dissolvent dans l'eau et intègrent également la chaîne alimentaire (Jacob Théa et Fossi Cristina, 2016).
Enfin, les activités humaines telles que les sports nautiques, la plaisance et les activités d'observation des cétacés mal pratiquées (non respect du code de bonnes conduite) peut perturber le comportement des animaux, interrompre leurs activités vitales (repos, chasse ect...), voire engendrer un déplacement des animaux vers des zones moins favorables pour eux. L'approche non respectueuse des animaux peut représenter un risque non seulement pour les cétacés mais également pour les nageurs (Barcelo A. et al, 2014)
